ページャーやサイト内リンクでJavaScriptを使用している場合、リンク先の内部リンクを検索エンジンは判断するのでしょうか。これは、ケースバイケースです。認識することができるJavaScriptは存在しますが、認識できないJavaScriptもあります。ですので、SEOを意識した設計にするのであれば、JavaScriptでないと実現できないということは少ないと思いますので、できれば静的なリンクを表示させて下さい。
 
JavaScriptはseoと相性が悪いと言われますが、こういったリンクやテキストが関わる部分以外での使用は、特に問題ありません。また、Googleではiflameやflashも読むことができます。インデックスも問題なくされます。ですが、flashに関して、画像化（アウトライン化）されたテキストを読むことはできませんので注意が必要です。
 
seoと相性が悪いと言われてきた形式でも、googleは徐々にクロールできるようになりました。改善しなければSEOスパムの手段として取り入れられてしまう可能性があるからなのかもしれません。いずれにしても、まだ完壁といわれる状態ではありませんので、推奨された形式を使用することをオススメします。
 
ちなみに動画ファイルの中身はクロールできないようです。
 
Googleがインデックス登録できるファイル形式
http://support.google.com/webmasters/bin/answer.py?hl=ja&answer=35287
 

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