ウェブマスターツールに登録しても、満足したデータが取得できていない場合や、そもそもデータが表示されない時の対策方法がウェブマスター公式ブログに掲載されています。

http://googlewebmastercentral-ja.blogspot.jp/2013/09/wheres-my-data.html

登録時のドメインが www.example.com のようなケースで、

実際に検索エンジンが認識しているドメインが example.com のようになっている場合、正しい数字が表示されません。

wwwがあり、なしで同一のコンテンツが表示されるケースがほとんどですが、技術的にはそれぞれで別々のコンテンツを掲載することも可能です。

ですので、リンクがどちらか片方に張られている場合には、もう片方のドメインには表示されることがないということです。

対策方法としては、両方のドメインをウェブマスターツールに登録し、両方のデータを照らし合わせてみることで、すべてのデータを把握することができます。

手動対応で、外部リンクに対する否認や削除を行わないといけない場合には、それぞれの外部リンクをチェックして対応を行ってみてください。

正規化をつい忘れてしまうということはよくあることです。ただし、検索エンジンにインデックスされているドメインがどちらなのかは把握しておく必要があります。

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